Library Sizes ranged between 26,886,909 and 36,051,460 reads.
Read totals for each library. Duplicated reads are conventionally an high overestimate at this point.
Summary of FastQC flags for each parameter
Heatmap showing mean base qualities for each library
Heatmap showing mean sequence qualities for each library
Heatmap of summed base distributions along each read
GC Content Heatmap normalised to theoretical GC content in the Hsapiens Genome
GC Content Distributions for all reads showing theoretical GC content from the Hsapiens Genome
Universal Adapter Content
Total overrepresented sequences for each library
R version 4.3.2 (2023-10-31)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
locale: LC_CTYPE=en_AU.UTF-8, LC_NUMERIC=C, LC_TIME=en_AU.UTF-8, LC_COLLATE=en_AU.UTF-8, LC_MONETARY=en_AU.UTF-8, LC_MESSAGES=en_AU.UTF-8, LC_PAPER=en_AU.UTF-8, LC_NAME=C, LC_ADDRESS=C, LC_TELEPHONE=C, LC_MEASUREMENT=en_AU.UTF-8 and LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages: stats, graphics, grDevices, utils, datasets, methods and base
other attached packages: pander(v.0.6.5), DT(v.0.30), scales(v.1.2.1), readr(v.2.1.4), dplyr(v.1.1.3), stringr(v.1.5.0), magrittr(v.2.0.3), ngsReports(v.2.4.0), tibble(v.3.2.1), patchwork(v.1.1.3), ggplot2(v.3.4.4), BiocGenerics(v.0.48.1), BiocCheck(v.1.38.0), devtools(v.2.4.5) and usethis(v.2.2.2)
loaded via a namespace (and not attached): DBI(v.1.1.3), bitops(v.1.0-7), RBGL(v.1.78.0), remotes(v.2.4.2.1), rlang(v.1.1.1), compiler(v.4.3.2), RSQLite(v.2.3.2), reshape2(v.1.4.4), callr(v.3.7.3), vctrs(v.0.6.4), profvis(v.0.3.8), pkgconfig(v.2.0.3), crayon(v.1.5.2), fastmap(v.1.1.1), dbplyr(v.2.4.0), XVector(v.0.42.0), ellipsis(v.0.3.2), labeling(v.0.4.3), utf8(v.1.2.4), biocViews(v.1.70.0), promises(v.1.2.1), rmarkdown(v.2.25), tzdb(v.0.4.0), sessioninfo(v.1.2.2), graph(v.1.80.0), ps(v.1.7.5), purrr(v.1.0.2), bit(v.4.0.5), xfun(v.0.41), zlibbioc(v.1.48.0), cachem(v.1.0.8), GenomeInfoDb(v.1.38.0), jsonlite(v.1.8.7), blob(v.1.2.4), later(v.1.3.1), parallel(v.4.3.2), prettyunits(v.1.2.0), R6(v.2.5.1), RColorBrewer(v.1.1-3), bslib(v.0.5.1), stringi(v.1.7.12), pkgload(v.1.3.3), jquerylib(v.0.1.4), lubridate(v.1.9.3), Rcpp(v.1.0.11), knitr(v.1.45), zoo(v.1.8-12), IRanges(v.2.36.0), BiocBaseUtils(v.1.4.0), httpuv(v.1.6.12), timechange(v.0.2.0), tidyselect(v.1.2.0), yaml(v.2.3.7), rstudioapi(v.0.15.0), stringdist(v.0.9.10), codetools(v.0.2-19), miniUI(v.0.1.1.1), RUnit(v.0.4.32), curl(v.5.1.0), processx(v.3.8.2), pkgbuild(v.1.4.2), plyr(v.1.8.9), lattice(v.0.22-5), Biobase(v.2.62.0), shiny(v.1.7.5.1), withr(v.2.5.2), evaluate(v.0.23), urlchecker(v.1.0.1), BiocFileCache(v.2.10.1), Biostrings(v.2.70.1), pillar(v.1.9.0), BiocManager(v.1.30.22), filelock(v.1.0.2), stats4(v.4.3.2), plotly(v.4.10.3), generics(v.0.1.3), RCurl(v.1.98-1.12), hms(v.1.1.3), S4Vectors(v.0.40.1), munsell(v.0.5.0), xtable(v.1.8-4), glue(v.1.6.2), lazyeval(v.0.2.2), tools(v.4.3.2), data.table(v.1.14.8), forcats(v.1.0.0), fs(v.1.6.3), XML(v.3.99-0.14), grid(v.4.3.2), tidyr(v.1.3.0), crosstalk(v.1.2.0), colorspace(v.2.1-0), GenomeInfoDbData(v.1.2.11), cli(v.3.6.1), fansi(v.1.0.5), viridisLite(v.0.4.2), ggdendro(v.0.1.23), gtable(v.0.3.4), sass(v.0.4.7), digest(v.0.6.33), farver(v.2.1.1), htmlwidgets(v.1.6.2), memoise(v.2.0.1), htmltools(v.0.5.6.1), lifecycle(v.1.0.3), httr(v.1.4.7), mime(v.0.12), bit64(v.4.0.5) and MASS(v.7.3-60)